Le modèle organisationnel du PAPFA est fondé sur une Unité de Coordination nationale du Projet (UCP) et trois Unités de Coordination Régionale (UCR). Ces unités de coordination assurent la gestion et le suivi des activités dont l’essentiel sera mis en œuvre par des opérateurs et prestataires de services, recrutés par voie compétitive et liés au projet par des contrats de performance. L’UCP est basée à Bobo-Dioulasso et les UCR à Bobo-Dioulasso pour les régions des Cascades et des Hauts-Bassins, à Dédougou pour la Boucle du Mouhoun